医療費控除は、1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に所得税・住民税の負担を軽減できる制度です。国税庁のタックスアンサー（No.1120）によると、控除額は最高200万円で、総所得金額等が200万円未満の場合は所得の5%を超えた部分から適用されます。
一方、ドラッグストアで購入した市販薬が対象となるセルフメディケーション税制は令和8年（2026年）12月31日までの期限付き制度で、医療費控除との併用はできません。
この記事では、両制度の違いや選び方、見落としやすい対象費用、高額療養費との関係など、確定申告の際に押さえておきたいポイントを詳しくまとめた内容です。

医療費控除の基本的な仕組みと計算方法

医療費控除は、自己または生計を一にする配偶者・親族のために支払った医療費が対象となる所得控除です。対象期間はその年の1月1日から12月31日までに実際に支払った金額で、未払い分は支払った年の控除対象となります。

医療費控除の計算式

控除額の計算式は「実際に支払った医療費の合計額－保険金等で補填される金額－10万円」で、上限は200万円です。
ただし、総所得金額等が200万円未満の場合は、10万円ではなく「総所得金額等×5%」が差し引かれる金額となります。

たとえば、年間の医療費が30万円、生命保険からの入院給付金が5万円、総所得金額等が400万円の場合、控除額は30万円－5万円－10万円＝15万円です。
所得税率が20%であれば、所得税の還付額は15万円×20%＝3万円、住民税の軽減額は15万円×10%＝1万5,000円で、合計4万5,000円の負担軽減となるでしょう。

補填金の差し引きで間違えやすいポイント

保険金等で補填される金額は、対応する個別の医療費ごとに差し引くのがルールです。
ある入院で給付金が医療費を超えた場合でも、余った分を他の通院費などから差し引く必要はありません。

たとえば、入院費用が8万円で入院給付金が10万円の場合、入院費用からの控除額はゼロになりますが、差額の2万円を他の歯科治療費などから引く必要はないのです。
この仕組みを知らないと、控除額を過少に計算してしまう可能性があります。

出典：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」

対象になる医療費・ならない医療費の具体例

医療費控除では「治療のために直接必要な費用」が対象となり、予防や美容目的の費用は対象外です。判断に迷いやすい費用を整理しておきましょう。

控除の対象となる費用

対象となるのは、医師・歯科医師の診療費や治療費、処方薬の費用に加え、通院のための公共交通機関の運賃も含まれます。
バスや電車の運賃は領収書がなくても、通院日と対応させたメモがあれば申告可能です。

そのほか、治療目的の歯科矯正（子どもの不正咬合など）、インプラント治療、治療のための鍼灸・マッサージ（国家資格保有者によるもの）、介護保険の居宅サービスの一部、出産にかかる検診費用や入院費用も対象に含まれます。入院中に病院が提供する食事代も控除対象です。

控除の対象にならない費用

自己都合で個室を利用した場合の差額ベッド代は対象外となります。
ただし、病院の都合（個室しか空いていない等）や、治療上の必要性がある場合は対象です。

このほか、自家用車での通院にかかるガソリン代・駐車場代、美容目的のホワイトニングや審美歯科、健康増進目的のサプリメント・ビタミン剤、予防接種の費用（異常が見つかり治療に移行した場合を除く）、入院中の出前・外食代なども対象外となります。

出典：国税庁「No.1122 医療費控除の対象となる医療費」

セルフメディケーション税制の仕組みと対象品目

セルフメディケーション税制は、一定の健康管理を行っている方がドラッグストア等で対象の市販薬を購入した場合に適用できる制度で、平成29年1月1日から令和8年（2026年）12月31日までの期限付きです。

適用を受けるための3つの条件

この制度を利用するには、次の3つの条件をすべて満たす必要があります。
まず、その年に健康の保持増進・疾病予防のための「一定の取組」を行っていることが前提です。具体的には、特定健診、がん検診、予防接種、定期健康診断、人間ドックなどが該当します。

次に、対象となるOTC医薬品の年間購入額（本人と生計を一にする家族分を含む）が12,000円を超えていることが必要です。控除額は12,000円を超えた部分で、上限は88,000円となっています。
そして、通常の医療費控除と選択適用のため、両方を同時に利用することはできません。

対象となる医薬品の見分け方

対象品目はスイッチOTC医薬品を中心に約1,600品目が指定されており、かぜ薬、胃腸薬、鎮痛薬、鼻炎薬、水虫薬、肩こり・腰痛の貼付薬などが含まれます。
購入時のレシートにセルフメディケーション税制の対象である旨が印字されるほか、パッケージに共通識別マークが表示されている商品もあります。

対象品目は随時追加・削除が行われるため、厚生労働省のホームページに掲載されている最新の対象品目一覧で確認するのが確実でしょう。

出典：国税庁「No.1129 セルフメディケーション税制」

医療費控除とセルフメディケーション税制はどちらを選ぶべきか

両制度は併用できないため、どちらが有利かを計算してから申告する必要があります。選択後は更正の請求や修正申告による変更もできないため、慎重な判断が求められるでしょう。

具体的な判断フロー

まず、年間の医療費（病院代＋薬代）の合計が10万円を超えている場合は、通常の医療費控除が有利になるケースが多いといえます。控除上限が200万円と大きいためです。

一方、病院にはあまりかからないが市販薬の購入額が多い年は、セルフメディケーション税制が有利になる場合があります。
具体例として、医療費総額が8万円（うちOTC医薬品5万円）の場合、通常の医療費控除は10万円に届かず適用できませんが、セルフメディケーション税制なら5万円－1.2万円＝3.8万円の控除を受けられます。

ただし、医療費が10万円を超えており、かつOTC医薬品の購入額も多い場合は、すべてを通常の医療費控除に合算したほうが控除額は大きくなることがほとんどです。
OTC医薬品の費用は通常の医療費控除にも算入できるため、セルフメディケーション税制を選ぶメリットが出るのは「医療費が10万円未満だがOTC薬の購入額が12,000円を超えている」ケースに限られるでしょう。

共働き世帯は誰が申告するかで還付額が変わる

医療費控除には、世帯主が申告しなければならないという決まりはありません。生計を一にする家族の医療費はまとめて申告でき、所得税率が高い人が申告するほうが還付額は大きくなります。

所得税率による還付額の違い

たとえば、夫婦の医療費合計が25万円（補填金なし）の場合、控除対象額は25万円－10万円＝15万円です。
課税所得が500万円（税率20%）の配偶者が申告すると、所得税の還付額は15万円×20%＝3万円となります。一方、課税所得が300万円（税率10%）の方が申告すると、還付額は15万円×10%＝1万5,000円にとどまります。

住民税（一律10%）の軽減を合わせると、税率20%の方が申告した場合は合計4万5,000円、税率10%の方では3万円の軽減です。同じ医療費でも申告者の違いだけで1万5,000円の差が生じることになります。

ただし、総所得金額等が200万円未満の場合は控除のハードルが「所得の5%」に下がるため、所得が低い側で申告したほうが控除対象額が増えるケースもあります。
両方のパターンで計算してから判断するのが確実です。

高額療養費と医療費控除の関係を理解する

高額療養費は健康保険の制度で医療費の自己負担に上限を設ける仕組みですが、医療費控除は税の制度で支払った医療費に対する所得控除を行う仕組みです。
この2つは別々の制度ですが、高額療養費で戻ってきた金額は医療費控除の補填金として差し引く必要があります。

高額療養費の還付が翌年になる場合

高額療養費の支給が確定申告の時点でまだ確定していない場合は、見込み額で差し引いて申告し、実際の金額と異なった場合は修正申告や更正の請求で対応することになります。

年収約370万～770万円の区分（区分ウ）の場合、高額療養費の自己負担限度額は月額約8～9万円です。
仮に1か月の医療費（3割負担）が30万円かかった場合、高額療養費により約21万円が還付されるため、医療費控除の計算では支払額30万円から還付額21万円を差し引いた約9万円が実質負担額となります。
さらに、健康保険組合の付加給付がある場合は、その金額も差し引く必要があるでしょう。

確定申告の手続きと注意点

医療費控除を受けるためには確定申告が必要です。年末調整では対応できないため、会社員であっても自分で手続きを行うことになります。

申告に必要な書類と手続き方法

確定申告書に「医療費控除の明細書」を添付して提出するのが基本的な流れです。
医療費の領収書そのものの添付は不要ですが、確定申告期限等から5年間は自宅での保管が必要となります。

健康保険組合等から届く「医療費のお知らせ（医療費通知）」がある場合は、通知を添付することで明細書の記載を簡略化できます。
また、マイナポータル連携を利用すれば、e-Taxの確定申告書作成画面に医療費データが自動入力されるため、入力の手間が大幅に減るでしょう。

なお、医療費控除などの還付申告は確定申告期間（2月16日～3月15日）を待たずに、翌年の1月1日から5年間提出可能です。確定申告の時期は窓口が混雑するため、早めに手続きを済ませておくとよいでしょう。

公的保障と医療費控除を組み合わせた実質負担の考え方

医療費の自己負担を軽減する制度は医療費控除だけではありません。高額療養費制度、付加給付、傷病手当金など、公的保障と税制の仕組みを重ね合わせることで、実質的な医療費負担は想定より小さくなる場合がほとんどです。

入院時の実質負担シミュレーション

たとえば、1か月の入院で医療費（3割負担）が30万円かかった場合を考えてみましょう。
まず、高額療養費により自己負担は区分ウで約8.7万円まで抑えられます。さらに、健保組合の付加給付がある場合は月額2～3万円に下がることもあるでしょう。

そのうえで、年間の医療費が10万円を超えれば医療費控除による税負担の軽減も加わります。
会社員であれば傷病手当金（給与の約2/3・最長1年6か月）で収入面もカバーされるため、民間の医療保険で備えるべき金額は、これらの公的保障と税控除を差し引いた残りの部分に限定されるのです。

民間の医療保険を検討する際は、まず加入している健康保険の保障内容（高額療養費の自己負担限度額、付加給付の有無）と、医療費控除による税軽減効果を把握したうえで、不足分を民間保険で補うという順序で考えるのが合理的でしょう。

まとめ

医療費控除は年間10万円（所得200万円未満は所得の5%）を超えた医療費について最高200万円まで控除できる制度で、セルフメディケーション税制は12,000円を超えた対象OTC医薬品の購入費について最高88,000円まで控除できる特例です。
両制度は選択適用のため、年間の医療費と市販薬の購入額を集計し、有利な方を選ぶ必要があります。
医療費控除の効果を最大化するためには、補填金の差し引きルール、共働き世帯の申告者の選択、高額療養費との関係を正しく理解することが欠かせません。公的な医療保障制度と税控除を組み合わせれば、実質的な医療費負担は大幅に抑えられるため、民間保険の加入判断にも活かしたいところです。

本記事は、CFP資格保有者であり、J-FLEC認定アドバイザーの金子賢司が執筆しています。当記事の執筆者「金子賢司」の情報は、CFP検索システムおよびJ-FLECアドバイザー検索システムにてご確認いただけます。北海道エリアを指定して検索いただくとスムーズです。

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