税金（一般的な内容）
株式・投資信託の税金はいくら？特定口座・NISAの使い分けと確定申告すべきケースを解説
株式や投資信託の売却益・配当には原則として20.315%の税金がかかりますが、口座の種類や確定申告の方法によって、実際の税負担は変わります。
特定口座（源泉徴収あり）を使えば確定申告が不要になる一方、あえて確定申告することで税金が還付されるケースもあれば、逆に申告したことで国民健康保険料や高額療養費の自己負担限度額に影響が出るケースもあるため注意が必要です。
この記事では、口座の種類ごとの課税の仕組み、NISAの非課税メリットと注意点、確定申告すべきケースとしない方が得なケースの判断基準を整理しています。
株式・投資信託にかかる税金の基本
投資で得た利益に対する課税の仕組みを正しく理解しておくことが、口座選びや確定申告の判断の土台になります。
譲渡益（売却益）の課税ルール
株式や投資信託を売却して利益が出た場合、その譲渡益は「申告分離課税」の対象です。税率は所得税15.315%＋住民税5%＝合計20.315%で、給与所得などの他の所得とは区分して計算されます。
復興特別所得税（所得税額の2.1%）を含むため、15%ではなく15.315%となっている点に注意が必要でしょう。
譲渡益の計算式は「譲渡価額−（取得費＋委託手数料等）」で求めます。投資信託の場合、分配金のうち「特別分配金（元本払戻金）」は元本の返還に該当するため課税されません。
出典：国税庁「No.1463 株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」
配当・分配金の課税ルール
上場株式等の配当や投資信託の分配金（普通分配金）は、受取時に20.315%が源泉徴収されます。ここで課税関係を完結させる（申告不要）こともできますし、確定申告で「総合課税」または「申告分離課税」を選択することも可能です。
この3つの選択肢のどれを選ぶかによって税負担が変わるため、後述する「確定申告すべきケース」で詳しく取り上げます。
なお、申告する場合は、その年に受け取った上場株式等の配当等の全額について同一の課税方式を選ぶことが必要です。一部だけ総合課税、残りは申告不要といった使い分けは認められていません。
出典：国税庁「No.1330 配当金を受け取ったとき（配当所得）」
口座の種類と税金の関係
証券会社で取引する際は「一般口座」「特定口座（簡易申告口座）」「特定口座（源泉徴収口座）」「NISA口座」のいずれかを利用します。それぞれの違いを理解しておくことで、手間と税負担のバランスを判断しやすくなるでしょう。
一般口座
年間の売買損益を自分で計算し、確定申告を行う必要がある口座です。取引の記録や取得費の管理もすべて自己責任で行うため、手間がかかります。特別な事情がない限り、特定口座を選ぶ方が実務面での負担が少ないでしょう。
特定口座（簡易申告口座）
証券会社が年間の譲渡損益を計算し、「特定口座年間取引報告書」を作成してくれる口座です。確定申告は必要になりますが、報告書に記載された金額をそのまま転記できるため、一般口座に比べて申告の手間が軽減されます。
特定口座（源泉徴収口座）
譲渡益が出るたびに証券会社が所得税・住民税を自動的に徴収してくれる口座です。源泉徴収口座を選べば、原則として確定申告は不要になります。
年間の譲渡損益が赤字の場合は源泉徴収されず、同一口座内であれば配当等との損益通算も自動で行われる仕組みです。
ただし、複数の証券会社に口座がある場合、口座間の損益通算は確定申告をしないと行えません。この点は後述する「確定申告すべきケース」で取り上げます。
NISA口座の非課税メリットと注意点
NISA口座で購入した金融商品の売却益・配当等は非課税です。
2024年1月からの新NISA制度では、つみたて投資枠（年間120万円）と成長投資枠（年間240万円）の併用が可能となり、非課税保有限度額は合計1,800万円（うち成長投資枠1,200万円）に拡大されています。非課税保有期間が無期限化された点も、旧制度からの重要な変更点です。
ただし、NISAには税制上の注意点もあります。NISA口座で生じた損失は、税法上「ないもの」として扱われるため、課税口座の利益と損益通算することも、翌年以降に繰り越すことも認められていません。
たとえば、NISA口座で50万円の損失が出て、課税口座で50万円の利益が出た場合でも、課税口座の50万円に対して通常通り約10万円の税金が発生する計算です。
出典：金融庁「NISAを知る」
確定申告すべきケース
源泉徴収口座を利用していれば申告義務はありませんが、次のようなケースでは確定申告をすることで税負担を軽減できる可能性があります。
複数の証券会社間で損益を通算したい場合
A社の特定口座で100万円の利益、B社の特定口座で60万円の損失が出たケースでは、何もしなければA社の利益に対して約20万円の税金が源泉徴収されたままになります。確定申告で両口座の損益を通算すれば、課税対象が40万円に圧縮され、差額の税金が還付されます。
譲渡損失を翌年以降に繰り越したい場合
年間で譲渡損失が出た場合、確定申告をすることで翌年以後3年間にわたって繰越控除を受けられます。翌年以降に利益が出た際にその損失と相殺できるため、将来の税負担を軽減する効果が見込めるでしょう。
なお、繰越控除を利用するには、損失が生じた年から連続して確定申告書を提出する必要があります。
配当控除を受けたい場合（総合課税の選択）
上場株式の配当を「総合課税」で申告すると、配当控除（税額控除）を受けられます。配当控除の控除率は、課税総所得金額が1,000万円以下の場合は配当所得の10%（所得税）、1,000万円を超える部分は5%（所得税）です。
総合課税では累進税率が適用されるため、所得税率が低い人ほど有利になります。具体的には、課税所得が約695万円以下（所得税率20%以下）であれば、総合課税＋配当控除の方が源泉徴収の20.315%より税負担が軽くなるケースが多いでしょう。
ただし、投資信託の分配金のうち、外国株式に投資するファンドの分配金は配当控除の対象外となる点に注意が必要です。
出典：国税庁「No.1250 配当所得があるとき（配当控除）」
外国税額控除を受けたい場合
米国株の配当など、海外で源泉徴収された税金がある場合は、確定申告で「外国税額控除」を申請することで二重課税を軽減できます。たとえば米国株の配当は米国で10%が源泉徴収された後、日本でさらに20.315%が課税されるため、合計の税負担が約30%に達してしまうケースがあります。
外国税額控除はこうした二重課税の調整を目的とした制度です。控除額にはその年の所得税額に基づく上限がありますが、控除しきれなかった金額は翌年以後3年間繰り越せます。
なお、NISA口座で受け取った配当に対する外国での源泉徴収は、日本側で非課税のため外国税額控除の対象にならない点は押さえておきましょう。
確定申告しない方が得なケース
確定申告で税金が還付される場合でも、申告によって合計所得金額が増えることで、他の制度に思わぬ影響が及ぶことがあります。令和6年度分（令和5年分所得）以降は、所得税と住民税で異なる課税方式を選択することができなくなったため、以前よりも慎重な判断が求められます。
住民税申告不要制度の廃止による影響
令和5年度分までは、所得税では総合課税を選んで配当控除を受けつつ、住民税では申告不要を選ぶことで、住民税の合計所得金額に配当所得を含めないという対応が可能でした。
しかし令和6年度分以降はこの使い分けが廃止され、所得税の申告方式がそのまま住民税にも適用されるようになっています。
この結果、確定申告をすると住民税の合計所得金額にも配当所得や譲渡所得が加算されることになり、次の制度に影響する可能性が生じます。
国民健康保険料への影響
国民健康保険料は前年の所得に基づいて計算されるため、確定申告で譲渡益や配当所得を申告すると、その分だけ保険料が増える場合があります。源泉徴収口座の所得を申告不要のままにしておけば、保険料の計算には含まれません。
自営業やフリーランスなど国民健康保険に加入している場合は、税金の還付額と保険料の増加額を比較した上で申告の判断をする必要があるでしょう。
高額療養費・介護保険料への影響
高額療養費制度の自己負担限度額や介護保険料の段階区分は、住民税の課税所得に基づいて判定されます。確定申告によって所得が増えると、自己負担限度額の区分が上がったり、介護保険料が高い段階に移行したりするリスクがある点にも注意が必要です。特に医療費がかさむ年や、介護サービスを利用している世帯では、この影響を見落とさないようにしましょう。
口座と申告方式の選び方
投資の税金では「どの口座で取引するか」と「確定申告するかどうか」の2つの判断が重要です。ここでは、状況別の選び方の考え方を整理します。
会社員で投資額が少額の場合
年間の投資額がNISAの枠内（年間360万円以内）に収まるのであれば、まずはNISA口座を優先的に活用するのが基本的な考え方になります。課税口座での取引が少なく、複数口座間の損益通算の必要もなければ、源泉徴収口座で申告不要のまま完結させるのがシンプルでしょう。
配当収入がまとまった金額になる場合
課税所得が695万円以下で、年間の配当金額がまとまっている場合は、総合課税で確定申告して配当控除を受けることで税金の還付が見込めます。ただし、国民健康保険に加入している場合は保険料増加との比較が不可欠です。
会社員で健康保険（社会保険）に加入している場合は、給与以外の所得で保険料が変わらないため、配当控除のメリットを享受しやすいでしょう。
損失が出た年の対応
年間で譲渡損失が出た場合は、確定申告して繰越控除の手続きをしておくことを検討しましょう。損失の申告によって合計所得金額が増えるわけではないため、国民健康保険料や高額療養費への悪影響は基本的に生じないでしょう。翌年以降に利益が出た際の税負担を軽減できるため、損失が出た年は申告しておく方が有利なケースが多いといえます。
NISAと課税口座の使い分け
NISA口座と課税口座はそれぞれ特性が異なるため、資産全体の配分を考えながら使い分けることが重要です。
NISAを優先すべき投資
長期保有で値上がり益が期待できるインデックスファンドや、配当利回りの高い銘柄は、NISAの非課税メリットを最大限に活かせる投資対象です。利益が大きいほど非課税の恩恵も大きくなるため、成長性の高い資産をNISA口座に配置するのが合理的な考え方でしょう。
課税口座で保有する方がよい場合
値下がりリスクが高い個別株や短期売買の資金は、課税口座で保有しておく方が税制上のメリットがある場合もあります。課税口座であれば、損失が出た場合に他の利益と損益通算したり、翌年以降に繰り越したりすることが可能です。
NISA口座で損失が出ても税制上は何の恩恵もないため、値動きの読みにくい投資はNISAの外で行うという選択肢も考えられます。
旧NISA口座の商品の取り扱い
2023年末までの旧NISA（一般NISA・つみたてNISA）で保有している商品は、新NISA口座へのロールオーバー（移管）はできない仕組みです。旧NISAの非課税保有期間（一般NISAは5年、つみたてNISAは20年）が終了すると、自動的に課税口座へ移されます。
移管時の時価が取得費として引き継がれるため、移管後に値上がりした分のみが課税対象になる点を把握しておきましょう。
まとめ
株式・投資信託の税金は、口座の種類と確定申告の判断によって負担が変わります。源泉徴収口座で取引していれば申告不要ですが、複数口座間の損益通算や譲渡損失の繰越控除、配当控除や外国税額控除を活用したい場合は確定申告が有利になるでしょう。
一方で、令和6年度分以降は住民税申告不要制度の選択ができなくなったため、確定申告すると国民健康保険料や高額療養費の自己負担区分に影響が出る可能性にも留意が必要です。
投資の税金は「いくら還付されるか」だけでなく、社会保険料や医療費の自己負担を含めた「手取り全体」で考えることが、損をしないための判断基準になります。
本記事は、CFP資格保有者であり、J-FLEC認定アドバイザーの金子賢司が執筆しています。当記事の執筆者「金子賢司」の情報は、CFP検索システムおよびJ-FLECアドバイザー検索システムにてご確認いただけます。北海道エリアを指定して検索いただくとスムーズです。
